বায়তুল মোকাররমে ২৬ মার্চ সংঘর্ষের ঘটনায় হেফাজত নেতা মামুনুল হককে হুকুমের আসামি করে তাকেসহ ধর্মভিত্তিক সংগঠনটির ১৭ জন নেতার নামে মামলা হয়েছে। সোমবার রাতে রাজধানীর পল্টন মডেল থানায় খন্দকার আরিফ-উজ-জামান নামের এক যুবগলীগ নেতা বিস্ফোরক আইনে এ মামলা করেন। 

তিনি ঢাকা মহানগর দক্ষিণ যুবলীগের উপদপ্তর সম্পাদক। সেদিন তাকে হত্যার চেষ্টার অভিযোগ এনেছেন এজাহারে। তবে এখনও কাউকে গ্রেপ্তার করা হয়নি।

ওই মামলায় উল্লেখিত আসামিরা হলেন- ১. আল্লামা মামুনুল হক (যুগ্ম মহাসচিব), ২. মাওলানা ফলায়েদ আল হাবিব (যুগ্ম-মহাসচিব), ৩. মাওলানা লোকমান হাকিম (যুগ্ম-মহাসচিব), ৪. নাসির উদ্দিন মনির (যুগ্ম-মহাসিচব), ৫. মাওলানা বাহাউদ্দিন জাকারিয়া (নায়েবে আমির), ৬. মাওলানা নুরুল ইসলাম জেহাদী (মাথজান, ঢাকা),  ৭. মাজেদুর রহমান (নায়েবে আমির, ব্রাহ্মণবাড়িয়া), ৮. মাওলানা হাবিবুর রহমান (লালবাগ, ঢাকা), ৯. মাওলানা খালেদ সাইফুল্লাহ আইয়ুবী, ১০. মাওলানা জসিম উদ্দিন (সহকারী মহাসচিব, লালবাগ), ১১. মাওলানা মাসুদুল করিম (টঙ্গী, সহ-সাংগঠনিক), ১২. মুফতি মনির হোসাইন কাশেমী (অর্থ সম্পাদক), ১৩. মাওলানা যাকারিয়া নোমান ফয়েজী (প্রচার সম্পাদক) ১৪. মাওলানা ফয়সাল আহমেদ (মোহাম্মদপুর, ঢাকা), ১৫. মাওলানা মুশতাকুন্নবী (সহকারী দাওয়াহ সম্পাদক), ১৬. মাওলানা হাফেজ মো. জোবারের (ছাত্র ও যুব সম্পাদক) এবং ১৭. মাওলানা হাফেজ মো. তৈয়ব (দপ্তর সম্পাদক)। 

গত ২৬ মার্চ, ভারতের প্রধানমন্ত্রী নরেন্দ্র মোদির ঢাকা সফরের দিনে এর প্রতিবাদে জুমার নামাজের পর বেলা পৌনে দুইটার দিকে মোদিবিরোধীরা সমবেত হয়ে স্লোগান দিয়ে মসজিদ থেকে বেরিয়ে আসতে চেয়েছিলেন।
সেখানে আগে থেকে অবস্থান নিয়ে ছিলেন ছাত্রলীগ, যুবলীগ, স্বেচ্ছাসেবক লীগ নেতা-কর্মীরা। তারাও মসজিদে নামাজ পড়েন।

মোদিবিরোধীরা ছাত্রলীগের নেতা-কর্মীদের মসজিদের ভেতর থেকে ধাওয়া দিলে বাইরে অবস্থান নেন তারা। মিনিট দশেক পরে মিছিল করে উত্তর দিকের লাগোয়া সড়কে অবস্থান নেন তারা। এ সময় তাদের ওপর ইটপাটকেল ছুড়ে মারা হয় মসজিদের ভেতর থেকে।

ইট ছুড়ে মারা এক তরুণকে নিয়ে আসার সময় মোদিবিরোধীরা ছাত্রলীগের নেতা-কর্মীদের ওপর হামলা করে। সেখান থেকে চলে এসে আবার একজোট হন তারা। শুরু হয় হামলা-পাল্টা হামলা।

এর প্রতিবাদে ব্রাহ্মণবাড়িয়া ও চট্টগ্রামের হাটহাজারীতে তাণ্ডব চালায় হেফাজত। এ সময় পুলিশের গুলিতে বেশ কয়েকজন হতাহতের ঘটনা ঘটে।

স্বাধীনতা দিবসের বায়তুল মোকাররম মসজিদে হামলা চলাকালে তিনি আহত হন বলে অভিযোগ করেন যুবলীগ নেতা খন্দকার আরিফ-উজ-জামান।

এজাহাহারে উল্লেখ করা হয়েছে, ২৬ মার্চ বায়তুল মোকাররম মসজিদে জুমার নামাজ পড়তে যান। নামাজ শেষে মসজিদ থেকে বের হয়ে হামলার শিকার হন। তিনি মসজিদের বাইরে উত্তর গেটের সিঁড়িতে কয়েক হাজার জামাত-শিবির-বিএনপি-হেফাজতের উগ্র মৌলবাদী ব্যক্তির বিশাল জমায়েত দেখতে পান।